As Comissões Eleitorais Regionais (CERs) atuam diretamente na organização das Eleições Gerais do Sistema CFT/CRTs em cada estado.

Cabe às CERs receber e analisar registros de chapas, controlar os prazos de impugnação e de recurso, julgar processos em primeira instância e administrar a operação eleitoral no âmbito regional, garantindo a legalidade e a transparência do pleito.